Si hi ha hagut modificacions al programa per sincronitzar haig de fer: 

cd alFinder

git pull

   ... o bé anar al web i descarregar-me els nous fitxer que m'interessen: 
			
			https://github.com/tbigot/alFinder 

--------------------

Abans de llançar el programa haig de modificar el fitxer on li dic amb quins documents ha de treballar python (settings.ini) per fer servir el programa alFinder 

Ex: Treballo amb els individus seqüenciats la primera vegada del 1st454. Info del pool (ex. pool 2) 1st_2 o _Run2 

#Seq. identificades (totes les seqüències que surten del 454)
fastaSequences = "data/2.TCA.454Reads.fna"

#Tags que identifiquen cada individu
tags = "data/1st454_Run2.csv"


--------------------

cd Dropbox/1\ Tesi/CMH/alFinder/2_ToRun_alFinder$ python alFinder.py

cd Dropbox/1\ Tesi/CMH/alFinder/4_compteAlleles		python 	compteAlleles2.py > Result25_Loc1al3.csv


fastaSequences = data/2nd_3.TCA.454Reads.fna

tags = data/2nd454_Run3.csv

cd Dropbox/1\ Tesi/articleCMHmethodo/Radwan/Row_Results

python elagueFasta.py Mama-DRB1_alFinder_Radwan.fas DRB1-filtre.fas 203 203
python elagueFasta.py Mama-DRB2_alFinder_Radwan.fas DRB2-filtre.fas 230 230

python elagueFasta.py Mama-UB_alFinder_Radwan.fas UB-filtre.fas 176 176
python elagueFasta.py Mama-UD_alFinder_Radwan.fas UD-filtre.fas 180 180


FITXERS DE DADES DE CMH!!
1st_1.TCA.454Reads.fna
1st454_Run1.csv

1st_2.TCA.454Reads.fna
1st454_Run2.csv

1st_3.TCA.454Reads.fna
1st454_Run3.csv

1st_4.TCA.454Reads.fna
1st454_Run4.csv

1st_5.TCA.454Reads.fna
1st454_Run5.csv

1st_6.TCA.454Reads.fna
1st454_Run6.csv

1st_7.TCA.454Reads.fna
1st454_Run7.csv

1st_8.TCA.454Reads.fna
1st454_Run8.csv


2nd_1.TCA.454Reads.fna
2nd454_Run1.csv

2nd_2.TCA.454Reads.fna
2nd454_Run2.csv

2nd_3.TCA.454Reads.fna
2nd454_Run3.csv



----------------------------

Voilà le résultat. Tu peux utiliser ce script en tapant :
cd Dropbox/1\ Tesi/articleCMHmethodo/elagueFasta
python elagueFasta.py Mama-DRB1_alFinder.fas Mama-DRB1_filtre.fas 194 214t

Explications des arguments :
elagueFasta.py est le programme, puis
1 nom du fichier à charger
2 nom du fichier à écrire
3 taille minimale de la séquence
4 taille maximale de la séquence